Eragon:
Le jeune Eragon, âgé de 15 ans, vit dans un village isolé du nom de Carvahall, coin reculé du monde d'Alagaësia. Il vit avec son oncle Garrow et son cousin Roran. Lorsqu'il découvre, lors de la chasse, une « curieuse pierre bleue, étrangement lisse », il ne sait pas encore à quel point son destin va en être affecté.
Issu d'une famille peu aisée, il essaie donc d'en tirer profit auprès du boucher qui le rejette aussitôt qu'il apprend que cette pierre vient de la Crête, des montagnes maudites. Il ne voit que l'éventuel profit qu'il peut en tirer.
Comme il l'apprend la nuit où la pierre éclot, ce qu'il prenait pour une pierre n'est autre qu'un ½uf de dragon. Ce dragon est en fait une dragonne : elle s'appellera Saphira et il commencera à l'élever secrètement. Un jour, en son absence, des Ra'zacs (des créatures alliées à l'Empire de Galbatorix) viennent détruire la maison d'Eragon afin de retrouver l'½uf : son oncle Garrow mourra suite à leur torture. Eragon jure alors de venger sa mort. Il commence alors son initiation de Dragonnier, bien aidé par Brom, le maître Conteur, qui était jadis un dragonnier. Celui-ci avait perdu, longtemps auparavant, sa dragonne, nommée elle aussi Saphira. Eragon obtiendra aussi une épée, Zar'roc, dont le nom veut dire souffrance en ancien langage, qui appartenait à Morzan, le dernier des Parjures, tué par Brom. Eragon poursuit sa quête : tuer les Ra'zacs et Galbatorix alors qu'il est suivi par des armées d'Urgals, envoyés par le Roi. Un Ombre, nommé Durza (sorcier possédé par un esprit mauvais) le recherche usant des Urgals et de son pouvoir maléfique pour soumettre le monde à sa volonté, afin d'acquérir la puissance des dragons pour dévaster le monde.
Traqué par les sbires de l'empereur Galbatorix, Eragon se joint aux Vardens, un groupe rebelle, formé d'humains autant que de nains et d'elfes. Bien qu'il ne veuille pas assumer son destin, il se retrouve alors mêlé à des évènements qui ont commencé bien avant sa naissance... Il sera plongé dans des aventures épiques en compagnie de Brom et de l'elfe Arya, l'amie qu'il aura délivrée des mains des terribles sbires de l'Ombre. L'union d'Eragon et sa dragonne Saphira seront-t-ils assez forts pour gagner la paix ?
L'Aîné:
Eragon et sa dragonne Saphira sortent à peine de la victoire de Farthen Dûr contre les Urgals, qu'une nouvelle horde de monstres fait son apparition ... Ajihad, le chef des Vardens, est tué et Murtagh ainsi que les jumeaux Vardens disparaissent sous terre. Nommée par le Conseil des Anciens, la fille d'Ajihad, Nasuada, prend la tête des rebelles. Eragon et Saphira lui prêtent allégeance avant d'entreprendre un long et périlleux voyage vers le royaume des elfes, à Ellesméra, où le garçon poursuit sa formation de dragonnier.
Là, il découvre avec stupeur qu'Arya est la fille de la reine Islanzadì. Cette dernière leur présente en secret un dragon couleur d'or, Glaedr, chevauché par le Dragonnier Oromis qui n'est autre que le Sage en Deuil, l'Estropié qui est Tout, le personnage qui était apparu à Eragon lorsqu'il souffrait de crises qui le menaient parfois à l'évanouissement, blessé par l'Ombre Durza. Oromis va devenir son maître. La formation du jeune Dragonnier se révèle éprouvante. La blessure faite par l'Ombre dans son dos le fait atrocement souffrir.
Pendant ce temps, à Carvahall, Roran, son cousin, a engagé le combat contre les Ra'zacs. Ceux-ci pensent l'enlever et faire pression sur Eragon. Ils kidnappent la fiancée de Roran. Prêt à tout pour la sauver, Roran convainc les villageois de traverser la Crête pour rejoindre les rebelles au Surda, en guerre contre le roi de l'Empire, le cruel Galbatorix.
Or Nasuada, de son côté, emmène au Surda le peuple des Vardens. Tous se préparent à la bataille contre l'ennemi, contre le roi Galbatorix et le nouveau parjure Murtagh (fils de Morzan), le frère d'Eragon.
Galbatorix connaît le nom secret de Murthagh qui lui révèle qu'Eragon et lui sont en fait frères! C'est pour cela que les jumeaux ont emmené Murtagh à Galbatorix. Ce dernier lui apprend les secrets de la magie dont Oromis avait parlé à Eragon !
Lors du combat des deux frères, Murtagh reprend Zar'roc, qu'il considère comme "l'héritage de son père". Quand à Roran il traverse la Crête vole un bateau et arrive au milieu de la bataille et il tue les jumeaux qui étaient des traîtres et qui s'étaient ralliés à Galbatorix, suite à la défaite d'Eragon face a Murtagh il fait promettre à son cousin de l'aider à délivrer sa fiancée Katrina des Ra'zacs.
Dans le 1er tome, Solembum, le chat-garou, lui avait parlé d'une arme cachée près du vieil arbre Menoa ... Ne serait-ce pas sa prochaine destination? Quant à la prédiction concernant la Crypte des âmes on espère enfin savoir ce qu'il en est dans le troisième tome de la trilogie.
L'Empire:
Malgré une victoire sur l'Empire dans les Plaines Brûlantes, les Vardens doivent poursuivre leur résistance contre le tyran Galbatorix et ses armées. Plus que jamais déterminé à délivrer Katrina, Roran, accompagné d'Eragon encore sous le coup des terribles révélations de Murtagh (à présent Dragonnier au service de Galbatorix) vont à Dras-Leona, au c½ur même du repaire des Ra'zacs.